まず、フルバックアップでもフォルダ等が見えるはずで、
ファイルは沢山あります。何も無いと言うのは、
バックアップ出来ていないのかもしれません。

一式FTPでpublic_html以下などにアップロードし、
フォルダ、ファイルの権限を修正すると動くと思います。



システムが異常な場合は、新規にqhmやhaikをインストール
しておいて以下のフォルダ、ファイルのみを上書きで
アップロードすると動くような気がします。

http://haik.oi21.net/index.php?vup_473_700b
の自分のメモをみると、QHMの管理画面の
バックアップの時に対象をチェックする項目から

ディレクトリは以下
wiki
attach
backup
swfu/d
swfu/data
fwd3/sys/data

ファイルは以下
qhm.ini.php
qhm_access.ini.txt
qhm_users.ini.txt

これは画面などからの推測です。
実際に確認した訳ではありません。