FFFTPは単にユーザーがレンタルしているサーバー上のファイルを表示して、ファイル管理をするだけなので、サーバー上のプログラム（QHMやWordPressなど）が正しく動作してるかは無関係です。
　従って、サーバーに接続できていないという問題と思います。
　FFFTPのホスト設定やサーバーの設定が正しいのか点検する必要があるでしょう。
　接続できたとして、サーバー上のファイルにアクセスできないなら、今度はサーバー側の設定を再考しないといけないでしょう。
　解決が難しい場合はサーバーのサポートに質問してみてはどうでしょうか。