奇怪な現象で驚ています。
それは、サバーはロリポップですが、ロリポップのFTPにフォルダがありますが、FFFTPに特定のフォルダ一つだけがないのです。
何故なのでしょうか？出来ればFFFTPで慣れているのでアップロードをしたいのです。
どうか宜しく教えて下さい。

レンタルサーバーで出来る.ftpaccess で行う制限は、
接続自体を拒否する設定くらいですので、サーバーに接続できないと
いった意味合いのメッセージがFFFTPに表示されていたと
思われますが、それが無かったという感じなのでしょうか。
不思議です。

うみほし様、
yunahara様、
いしまる様、

有難うございました。まず、結論から
サブフォルダに「.ftpaccess」アクセス制限がされていました。
ファイルを削除しましたら、フォルダが表示されました。
ご助言ありがとうございました。

ロリポップより以下『　』のサポートがありました。
『この度はお問合せいただき、ありがとうございます。
カスタマーサービスでございます。
ご質問いただいた内容についてご案内します。
こちらで確認いたしましたところ、今回ご連絡いただいた
ご契約サーバー上には「.ftpaccess」ファイルが設置されておりました。
※）「.ftpaccess」は、許可されたIP以外からのアクセスを
　　許可しない（表示させない）設定を行うファイルであるため、
　　「FTPでの接続ができない（一覧が表示されない）」といった現象が起こります。
お手数ではございますが、〔ユーザー専用ページ〕のメニューにある
〔セキュリティ〕の〔FTPアクセス制限〕にて、現在の「お客様のIPアドレス」が
【FTP接続を許可するIPアドレス】に登録されているかどうかご確認をお願いいたします。
※）「お客様のIPアドレス」につきましては、〔ユーザー専用ページ〕の
　　メニューにある〔セキュリティ〕の〔FTPアクセス制限〕にて、
　　　現在の接続元IPアドレスは、【...】 です。
　　と表示されますので、そちらでご確認ください。』

皆様、お久しぶりです。
本当に久しぶりに訪問させていただきました。

もう日にちも随分経ってしまっていますが、もし未だ解決されておられないようでしたら、下記を試してみてください。

私も同じことで悩んだことがありました。
サーバーも同じロリポップです。ロリポップのFTPにはフォルダはあるのに、FFFTPには特定のフォルダ一つだけ無くて困っていました。
私の場合は、そのフォルダーの「.ftpaccess」ファイルに、自宅のIPアドレスを加えてアップロードすると、FTPソフトにフォルダーが現れてくれました。
作業する前に「.ftpaccess」のバックアップを取っておいてくださいね。

これは「以前は表示できたのに，急に表示できなくなった」のか，
「最初から表示できていない」
のどちらなのでしょうか？
「FFFTPの接続先が間違っている」ということはないですか？
接続先が正しいなら，まずはロリポップのサポートに質問することが必要でしょう。

ドット「.」で始まるファイルやフォルダも必要な場合が殆どですので
削除してはいけません。

関係ありそうなキーワードで検索すると、次など沢山出てきます。
ご自分の症状と照らし合わせて有効と思われる方法を試して
見ることになるかと思います。

https://howpon.com/11025
http://www.ad-sys.jp/hosting/archives/75

いしまる様、
早速のリプありがとうございます。
FFFTPでのキャッシュはしましたが
変化がなくフォルダが表示されませんでした。
次にファイル名に「,」が付いていますが、
これを削除するとよろしいのでしょうか？
宜しくご指導下さい。

FFFTPの動作を確認していませんので正確なところはわかりませんが、
1.キャッシュが効いていて少し古い情報のまま
2.ファイル名やディレクトリ名が半角のドット「.」で始まっている
あたりをまず疑います。
「FFFTPドットで始まるファイルが見えない」といった感じで
google検索したらいかがでしょうか。