すみません、本当に困っていますので助言いただければ幸いです。

サイトマップを送信したりサーチコンソールのFetch as Googleを使ったりしても、なぜかトップページだけがインデックスされませんでした。

ですのでトップページのソースを見てみると、

<meta name="robots" content="NOINDEX,NOFOLLOW" />
<meta name="googlebot" content="noindex,nofollow" />

という記述が入っています。しかし編集画面や設定画面等を見ても、どこにもNOINDEXの記述はしていません。

FTPで中を覗きましたが、どこをどう見れば良いのかも分かりません…

何者かに改ざんされたのでしょうか…
もしくは初めのうちにサイトの閉鎖やNOINDEX;の記述をしていたのが、何らかの理由で残ってしまったのでしょうか…

どうぞアドバイスをお願いします。

Yujiro様

まったくおっしゃる通りでした。メニューページにNOINDEXを記載していて、それを読み込んだページにもNOINDEXが記載されてしまっていたようです。

検証とアドバイスをありがとうございました。

私もYujiroさんのテスト結果が可能性が高いように思います。
HAIKが勝手にNOINDEX等を記載することはあり得ないでしょう。
人為的なミスだと考えています。

少し検証してみて気になるところを（間違っていたらすみません）

==============以下引用
2.メニューページを作成して、
#only_mobile{{
#include(menu1,notitle)
}}
==============以上引用
↑
実際にやってみたのですが、これ自体では

<meta name="robots" content="NOINDEX,NOFOLLOW" />
<meta name="googlebot" content="noindex,nofollow" />
↑
親ページにこれが入りません。

そこでもしやと思い、ページ名「menu1」に「NOINDEX:」を記載する
と「親ページ」のソースに件の2行が現れました。

もしかしたらこういうことではないでしょうか？

親ページにはNOINDEX:の記載なし
menu1にNOINDEX:記載

そうとすれば「menu1」に記述されるNOINDEX:は、単なるメニュー用
ページなのでサイトマップ出力防止、インデックス防止のために書かれ
たと思います。

回避策としては「munu1」の「NOINDEX:」記載をやめ、その代わりペ
ージ名を「:menu1」←（コロン付き）として、少なくともサイトマップ
への出力を防止することにしては。
（コロン付きのページ名はHAIK上での検索にもヒットしません）

原因が分かりました…本当に最悪でした…

1.フルページレイアウトだと、スマホ表示でコンテンツの下の方にメニュー一覧が表示されない。表示させたい。

2.メニューページを作成して、
#only_mobile{{
#include(menu1,notitle)
}}
を記載。

3.スマホでも見事にメニューが表示されて良かった。

…しかし、１ヶ月以上経った今気づきました…
この記述をすると、勝手にソースに
<meta name="robots" content="NOINDEX,NOFOLLOW" />
<meta name="googlebot" content="noindex,nofollow" />
が記載されるようです…

本業サイトでもこれをやっていましたので、本当に売上に直結していました…アクセス減の原因を探っていたのですが、今日やっとわかった次第です…

上記タグを削除したら、NOINDEXも消えました。

最悪すぎました…