haikのマニュアルになくても、pukiwikiのプラグインはインストールされているので、使えるものがありそうですね。
　少し古い本ですが『PukiWiki入門』(翔泳社,2006)にはプラグインのマニュアルが載っています。この中にふりがなを振るrubyというプラグインがあったので、haikベータ版で使ってみました。書式は、

　&ruby(ふりがな文字){ふりがなを振りたい文字列};

　グーグルクロームで問題なく表示できました。Firefoxではサポートされないと解説にありますが、今はどうなんでしょうね。
　haikのマニュアルでもこういう使えるプラグインは全部解説してほしいです。