アップデートファイル自体には何もなかったのでしたら、サイトのサーバーの中に何か存在している可能性をチェックしたほうがいいのではないでしょうか。このフォーラムでも最近の解決や問題提起で脆弱性が明らかになっています。運用途上でQHM〜haik時代に何か仕込まれた可能性もあるので、サーバーのデータをウイルスチェックした方がいいですね。それでも何も出なければ、ウイルス以外の原因なのかもしれません。
　脆弱性対応版は6.0.5か7.0.0.beta1です。しかし、まだ未対応の脆弱性が残っています。過去記事550（消えたログにあります）も参考に。
　私の事例も参考にしてください。swfsに仕込まれてましたよ。