#comment2はとりあえず安全です。

なぜかというと、comment2プラグインは書き込んだコメントの先頭に '- ' を付け加えるためです。
'#comment2()' を 'a#comment2()' などに書き換えると動かなくなりますよね。
その行が#から始まっていないと実行されないんです。
（これはセキュリティ機能ではなくて、PukiWikiの仕様の都合です）

ちなみに&から始まるプラグインはどこでも関係なく利用できます。&br;とか。
brプラグインは '#br' でも '&br;' のどちらでも使えます。
プラグインによってできるものとできないものがあり、htmlプラグインは '#html{ }' はできますが '&html{ }' はできません。
html2プラグインも同様です。

なので、#comment2については今のところ安全でしょう。
htmlプラグイン以外に<script></script>を書き込めるようなプラグインがなければ、という条件付きですが。