サーバーによって違うでしょう。
私のエックスサーバーでは，ドメイン名のフォルダに全データが入っています。
haikのデータはそのフォルダの中のpublic_htmlフォルダにあります。
私はこのフォルダをFFFTPでバックアップしています。テストサイトを作ったときはこのフォルダの中身をそっくり，別ドメインのフォルダにアップして，元サイトと同じように使えています。
　エックスサーバーではドメインフォルダまるごと圧縮ファイルでバックアップダウンロードできるので，これも定期的に使っています。
　元に戻すときは解凍ソフトで展開して，そこでできたフォルダ構造をそのままFTPソフトでサーバー上のドメイン名のフォルダににアップすれば，レストア完了です。